Meister Funakoshi wehrte sich lange dagegen, denn er ahnte, dass Karate dadurch seinen Inhalt verlieren würde. Er suchte nach Möglichkeiten, die ihm erlauben würden, beides miteinander zu verbinden.
Die bedeutendste Neuerung war, dass er schliesslich erlaubte, dass über das Bunkai hinaus noch andere Formen des Kumite in die Übung einflossen. Diese wurden nach und nach zu festen Bestandteilen des Trainings.
So entstanden zuerst das Gohon Kumite (Fünfschritt-Partnerübung) und Sanbon Kumite (Dreischritt-Partnerübung), danach das Kihon Ippon Kumite (Grundschule-Kumite), das Jiyu Ippon Kumite (Übungskampf in halbfreier Form) und schlussendlich das Jiyu Kumite (Freikampf).
Auch suchte Meister Funakoshi von Anfang an nach einem Unterrichtssystem, das den Zugang zum Karate als Ganzes auch für die Zukunft gewähren sollte, in seinem Umfang aber soweit begrenzt war, dass die Übung nicht in blossen Formstreben ausartete.
Es dauerte fast 15 Jahre, bis Meister Funakoshi sich endgültig entschied, die Kata in seiner Schule zu reduzieren. Erst in seinem letzten Buch, legt Funakoshi die Zahl der Kata seines Systems auf 15 fest.
Sein Unterricht bestand im Wesentlichen aus Kata und Bunkai und baute auf den Prinzipien des okinawanischen Shuri Te der ltosu-Schule auf.
Um die Einzeltechniken zu perfektionieren, liess er Kihon (Grundschule) und am Makiwara (Schlagpfosten) üben. Aus der grossen Vielfalt der Körperpunkte (Kyûsho) wählte er diejenigen aus, die in den 15 stylspezifischen Kata angegriffen werden und stellte sie in einem System zusammen, das man Jintai Kyûsho nennt.
Dieses gilt im Shotokan Karate nach wie vor als Leitlinie für die anzugreifenden Körperpunkte in den Kata Bunkai.
Dazu gehören die Perfektion der entsprechenden Technik und das Beherrschen verschiedener Formen der Kraft (Kime).